Berdasarkan Permenkes No. 71 Tahun 2020 Pasal 7, 32, & 33, menerangkan bahwa Satuan Pengawas Internal (SPI) merupakan organ yang menjalankan fungsi pengawasan nonakademik untuk dan atas nama direktur yang dipimpin oleh kepala yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada direktur. Kepala Unit SPI Polkeslu sendiri saat ini dipimpin oleh Ibu Emy Yuliantini sejak tahun 2020 hingga sekarang.
